מנהל מקרקעי ישראל הוציא למכרז את המגרש אשר נמצא בין מבנה הכנסיה ונמל יפו, צפונית לכביש הכניסה לנמל, בשטח של כמעט חמישה דונם, המיועד לבניית 60 יחידות דיור, בתוספת שטחי מסחר בקומת הקרקע.

נדיר לפגוש מכרז במיקום אטרקטיבי כל כך ובהיקף גדול כל כך, ואכן, הרבה מאד עניין נבנה מסביב לקרקע המוצעת.

הפקעת הקרקע לצרכי מחסנים לנמל יפו
אלא שבכנסיה הארמנית האורתודוקסית לא ישבו בשקט.
קרקע זו ממש היתה בבעלות הכנסיה והופקעה מידיה בשנת 1927, עוד לפני קום המדינה - בתקופת השלטון הבריטי, לטובת שימוש ציבורי שתוכנן דאז – הרחבת מחסני נמל יפו הפעיל.
העותרים טענו כי אמנם קיבלו פיצוי בסך של 14,000 ₪ מהשלטונות בתמורה להפקעה, אולם הובהר בין הצדדים כי במידה  ויופסק השימוש הציבורי בנכס, תהיה לכנסיה זכות ראשונים לרכישתה, בהתאם לפקודת הקרקעות שהיתה תקפה בזמנים הללו.

בפועל, אכן שימש המקום במשך שנים רבות כמחסנים לנמל, אך היתה בו גם פעילות מסחרית בשנות התשעים של המאה הקודמת, כמו למשל מסעדת "מבנה חמש" שפעלה מספר שנים באחד המבנים.



שינוי יעוד הקרקע לדירות פאר
עם זאת קידם המינהל במשך מספר שנים תב"ע (תוכנית בניין עיר) חדשה, שתאפשר בניית 60 יחידות דיור בשטח של כ- 6,000 מ"ר  ושטחים מסחריים בשטח של כ- 1,000 מ"ר נוספים, כמו גם חניונים תת קרקעיים.
התב"ע אושרה בשנת 2007 וכבר אז לוותה במאבקים משפטיים.
בעתירה שהגישו כמה מדיירי יפו העתיקה, הגיעו הצדדים בהסכם פשרה לפיו יוקצו 10 מקומות חנייה לתושבים מיפו העתיקה.
כמו כן, הגיש המינהל תביעות פינוי כנגד דייגים אשר השתמשו במבנים כמחסנים לציוד הדיג שברשותם. תביעות אלו עומדות כרגע בבית המשפט וחלק מתנאי המכרז היה שעל הזוכה להשלים את פינוי הדייגים מהמבנים שיימכרו.

הכנסיה דורשת זכות ראשונים לרכישת המגרש
וכך, בעוד מינהל מקרקעי ישראל עושה צעדים יזמיים להעלאת ערך הקרקע כדי למכור אותה במכרז לבניית דירות יוקרה הצופות לים ושטחים מסחריים שייהנו מהפיתוח המואץ ביפו בכלל ובנמל יפו בפרט, מהלך שיכניס לקופתו סכום משוער של כמאה מליון ש"ח, טבין ותקלין, ראו אנשי הכנסייה בעיניים כלות כיצד הקרקע שהיתה בבעלותם מושבחת והרווחים ילכו לאחרים.

לטענת אנשי הכנסיה, הם ניסו למנוע מהמינהל את קידום התב"ע, אך לא זכו לתגובה אלא רק בתחילת שנת 2008, אז התקבל מכתב התשובה הראשון לפניותיהם, שכמובן הכחיש כל זכות של הכנסיה על הקרקע או אירוע של הפקעת הקרקע מהכנסיה לצורך כלשהו.

ביהמ"ש לעניינים מנהליים מקפיא את ההמכרז
בניסיון אחרון להשיב לעצמה את השטח יקר הערך, הגישה הפטריארכיה הארמנית אורתודוקסית של ירושלים עתירה לבית המשפט לעניינים מנהליים בתל אביב, בדרישה לאפשר לה זכות ראשונים ברכישת הקרקע, היות שכעת כבר אינה מיועדת לשימוש ציבורי – הייעוד המקורי שלשמו בוצעה ההקפאה.
בית המשפט הורה על הקפאת הליכי המכרז, המינהל דחה פעם אחת את תאריך סיום המכרז ולאחר מכן יצא בהודעה כי מועד רכישת החוברות למכרז הנדון (וכן מועד הגשת ההצעות ומועד הסיור) מוקפאים עד להודעה חדשה, וזאת בהתאם לצו ביניים אשר ניתן בהליך משפטי ואשר עומד בתוקפו עד להכרעת בית המשפט.
למרות פניות חוזרות, ממינהל מקרקעי ישראל טרם הועברה תגובה.